以前ここで紹介したEC-CUBEのカスタマイズ（http://takenet.jp/takeblo/2009/11/eccube.html ）ですが、ちょっと年末年始前の今の時期に問い合わせが多いので今回はEC-CUBEVer2.13に設置してみます。
配送日指定のプルダウンから、該当の月日が削除され表示されます。
カスタマイズするファイルは
data/class/helper/SC_Helper_Purchase.php
// 基本時間から日数を追加していく
$tmp_time = $now_time + ($i * 24 * 3600);
list($y, $m, $d, $w) = explode(' ', date('Y m d w', $tmp_time));
//12月29日～1月4日まで配送日指定を不可とする場合
if($m=="12" && $d=="29")continue;
if($m=="12" && $d=="30")continue;
if($m=="12" && $d=="31")continue;
if($m=="1" && $d=="1")continue;
if($m=="1" && $d=="2")continue;
if($m=="1" && $d=="3")continue;
if($m=="1" && $d=="4")continue;
毎年同じならこれだけ追加しておけばとりあえずは対応可能。
「年」も指定するなら
if($y==2017 && $m==1 && $d==4)continue; などとすればいけます。