EC-CUBEには、帳票機能が搭載されており、納品書をPDFでプリントアウトすることが可能です。
この帳票機能で出力するPDFのレイアウトなどは、テンプレートをカスタマイズすることで変更することができます。
帳票機能出力テンプレートは以下を変更
/data/class/SC_Fpdf.php
帳票で出力される際のロゴの変更は、
EC-CUBE2.11系は data/Smarty/templates/admin/pdf/logo.png
EC-CUBE2.3は /html/user_data/packages/xxxxx/img/pdf/logo.png
EC-CUBE2.4は /data/pdf/logo.png
を画像編集ソフトで変更すればおっけー。